1996 жылдан бастап Л.Н. Гумилев атындағы Еуразия ұлттық университеті құрылған сәттен бері университет өз мәртебесін бірнеше рет өзгертті: педагогикалық және инженерлік-құрылыс институттарын біріктіру арқылы құрылған Ақмола университетінен 2000 жылы мемлекеттік университетке, ал 2001 жылы ұлттық университетке айналды. 2022 жылы ЕҰУ-ға зерттеу университеті мәртебесі берілді.

Университет қызметінің алғашқы бес жылында жаңа оқу ғимараты салынды, қажетті материалдық-техникалық база жасалды, шақырылған оқытушылар мен қызметкерлер үшін тұрғын үй мәселесі шешілді, мемлекеттік тілдің мәртебесі көтерілді, жаңа мамандықтар мен мамандар даярлау деңгейлері ашылды.